Khi đất bị ngập, thiếu oxy sẽ phát triển, vì các vi sinh vật trong đất tiêu thụ oxy nhanh hơn quá trình khuếch tán. Sự hiện diện của đất thiếu oxy là một trong những đặc điểm xác định của vùng đất ngập nước. Nhiều loài thực vật đất ngập nước sở hữu khí dung, và trong một số, chẳng hạn như hoa súng, có luồng không khí trong khí quyển qua lá và thân rễ.[4] Có nhiều hậu quả về mặt hóa học khác của tình trạng thiếu oxy. Ví dụ, quá trình nitrat hóa bị ức chế khi oxy thấp xảy ra và các hợp chất độc hại được hình thành, vì vi khuẩn kỵ khí sử dụng nitrat, mangan và sulfate làm chất nhận điện tử thay thế.[5] Khả năng oxy hóa khử của rhizhosphere giảm và các ion kim loại như sắt và mangan kết tủa. Mô khí là một sửa đổi của nhu mô.

Nói chung, oxy thấp kích thích cây và thực vật sản xuất ethylene.[3] Ethylene làm chậm sự kéo dài và hình thành rễ chính dài ra.